1、生物显微镜的安放应选择枯燥清洁的房间，以避免光学部件发霉、金属部分生锈以及粘满尘埃。显微镜使用结束后，即放回箱(柜)内，或用玻璃罩、塑料套罩住，并放入干操剂。

2、不要自行拆卸各部件；镜筒要插上接目镜或益上镣苗盖，避免尘埃从镜筒上部进入；透镜外表不要用手指碰触或拭擦，如有尘埃，先用柔软毛笔悄悄拂去，再用柔软的清洁细布拭撩，也可用擦镜纸蘸少量二甲苯或石油迷试擦，但注意不要在透镜外表划出条纹。如镜片有轻度长霉，用擦绕纸擦不去时，可用棉签蘸少量70乙醇与30乙迷混合液悄悄拭撩。

3、生物显微镜不可与腐蚀性酸类、碱类或挥发性强的化学药品放在一同，以免被腐蚀，缩短使用年限。原则上，当调查含液体的标本时，一般都要盖上盖玻片；若液体中含有酸、碱等腐蚀性化学物质时，应把盖玻片的四周用白腊或凡士林封住，然后调查。但由于进行中药显微鉴守时，常常要用这一类试剂，不可能都封固，因此要特别小心，避免液体流到载物台上，更不要沾到物镜上。

4、生物显微镜厂家不应在直射阳光下暴晒，也不要放在靠近炉子或暖气的当地，以避免过剧的冷热变化引起透镜和机件的脱胶、变形或损坏。

5、清洁接物镜只限于外外表。接物面被药品污染后即用撩镜纸蘸少量擦镜液拭擦(不要用乙醇)；若背面须清洁时，可用柔软毛笔拂拭，或用皮吸头吸去尘埃。

6、转动粗细调比铝调焦时，动作要缓慢，不要压碎盖被片，以防接物镜和集光器受控击而损坏。

7、使用油镜后，须将镜头上的香柏油拭探洁净(可用擦镜纸蘸少量二甲苯拭擦，但注怠二甲苯不能渗入镜头内部，不然二甲苯溶解透镜之间的粘合剂，可使镜片掉落)。

8、反光镜镜面要保护清洁，不要使水、二甲苯或香柏油透入，以免反光镜的水银掉落。

9、加机械部分不灵活，可用细绸布蘸二甲苯少钧：拭去锈和油腻(不得用乙醇，因为这些溶剂会腐蚀油漆)，再用少量液体石服光滑；旋扭过紧不要强行扭动，以免损坏。

10、有时在生物显微镜的视界中发现有污点或异物，可先转动目镜，假如这些污点跟着旋转，则可确定污点是在目镜上；不然，可移动标本片，如污点跟着移动，则污点是在标本片上。假如两者都不是，则污点是在物镜上，可先捡食物镜的前镜头，然后检查后镜头。根据不问状况进行清洁处理。有时视界的一部分不清晰，这可能是物镜或目镜的前透镜外表有指印或尘埃，也可能是标本片做得不好或显微镜用法不妥，如照明系统末调好等原因，应查明状况，别离处理。

11、生物显微镜用毕后，应将各部分擦拭洁净，格接物镜转成八字形，然后将镜筒和集光器下降固定，再将反光镜的镜面置笔直的位置。